Bij een daktuin zijn er andere omstandigheden dan in een gewone tuin. Aan de bodem worden dan ook andere eisen gesteld. Het is essentieel dat bij de opbouw van de daktuin een optimaal milieu wordt gecreëerd voor de geselecteerde planten en dat het geheel niet te zwaar wordt. Om dat te bereiken, maakt men voor de aanleg van een daktuin gebruik van speciale grond; substraat. Dit is speciaal ontworpen voor de afgesloten ruimte die een daktuin eigenlijk is en het heeft de juiste samenstelling die zorgt dat er altijd een goede lucht- en waterhuishouding is, waardoor de planten goed kunnen wortelen en groeien.
Substraat is een soort kunstmatige aarde, bestaande uit korrels met poriën die water en/of lucht vast kunnen houden. Met een juiste samenstelling van de daktuin kun je zorgen dat je planten toch de juiste voeding krijgen bij een beperkte dikte van de bodemlaag. Dat is belangrijk omdat je bij een groendak altijd te maken hebt met gewichtsbeperking. Kort gezegd bepaalt de dikte van de susbstraatlaag het doel/soort van groendak en het is de grootste factor voor wat betreft het gewicht.
Omdat er verschillende soorten daktuinen en daken zijn, zijn er ook verschillende soorten substraat. Voor een daktuin (intensief en dus een dikkere laag susbstraat) zijn een hogere voedzaamheid en grotere korrels die minder water vasthouden de beste keuze. Daardoor is het verzadigd gewicht namelijk minder hoog. Maar ook voor de plant is het beter omdat de wortels in de wat grovere bodemstructuur dan meer ruimte hebben. Bij extensieve groendaken is het echter beter dat de plantjes niet te hoog groeien. Daarom is daarvoor een minder voedzaam substraat met fijnere korrel handiger.
Het perfecte daktuinsubstraat heeft een juiste balans tussen lucht, vocht, voeding, structuur en bodemleven. Er zijn dan ook verschillende soorten verkrijgbaar zodat er voor elk soort daktuin een optimaal afgestemde substraatsoort is.